科學家搭建基因“鳥巢”

牧童

《自然—遺傳學》：科學家搭建基因“鳥巢”

新技術(shù)有望加速拆解基因間相互作用

作者：群芳 來源：科學時報 發(fā)布時間：2009-4-23 8:28:50
從指引干細胞的命運到?jīng)Q定我們能長多高，人們體內(nèi)的基因作用于一個非常復雜的網(wǎng)絡(luò)。而拆解這些相互作用則是一項艱苦而繁重的工作。如今，一個國際合作計劃開發(fā)出的一種更為有效的綜合處理方法有望加速這一研究進程。

新的研究工作是由一家名為哺乳動物基因組功能注釋（FANTOM）的國際聯(lián)盟實施的，該組織由日本橫濱市RIKEN Omics科學中心發(fā)起。由基因組科學家Yoshihide Hayashizaki領(lǐng)導的研究團隊研制出了一項技術(shù)，用于計算一種基因被表達的頻率——在這一過程中，脫氧核糖核酸（DNA）被轉(zhuǎn)錄為核糖核酸（RNA），后者會依次編碼一種蛋白質(zhì)。而這些蛋白質(zhì)中的大部分都能夠影響其他基因的表達，進而最終增加或減少所形成的蛋白質(zhì)的數(shù)量。在任何特定的時間，上百種基因會對其他基因的活性構(gòu)成影響。但這一過程是相當復雜的。

通過用新的軟件對這些海量數(shù)據(jù)進行篩選，F(xiàn)ANTOM研究小組梳理出了重要的角色以及它們之間的關(guān)系。這項研究的第一個目標便是與THP-1細胞——在實驗室實驗中使用的一種人類白血病細胞系——的分化控制有關(guān)的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)。研究小組在基因組中鑒別出29857個能夠?qū)Φ鞍踪|(zhì)調(diào)節(jié)作出響應(yīng)的區(qū)域，并在分化過程中追蹤了其中6例的活性水平。

最終的結(jié)果是一個鳥巢狀的調(diào)節(jié)路徑。這些路徑通常被認為是分等級排列的，即在頂層的一個或少量“主基因”會形成一個影響的“小瀑布”，進而向下層的基因蔓延。而FANTOM建立的模型則恰恰相反——調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)會促進一種基因的表達，而在細胞到達一個新的平衡之前，另一種調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)則會抑制該基因，一個反饋回路隨即產(chǎn)生。

并未參與FANTOM研究團隊工作的瑞典斯德哥爾摩市Karolinska研究所的分子遺傳學家Juha Kere表示，這篇新的論文“是迄今為止對于一個細胞分化事件的最為完整的研究結(jié)果”。日本東京醫(yī)學與牙齒大學的生物信息學家Hiroshi Tanaka表示，對于網(wǎng)絡(luò)如何活動的更為透徹的了解使得科學家能夠制造出新的細胞類型。

另外兩個與FANTOM合作的研究團隊則將這一技術(shù)使用到不同的課題上。由Omics的生物學家Piero Carninci領(lǐng)導的一個研究小組聚焦于散布在基因組中的反轉(zhuǎn)位子如何影響RNA的形成。而由澳大利亞圣盧西亞市昆士蘭大學分子生物學家John Mattick率領(lǐng)的另一個研究小組則鑒別出了一類有關(guān)基因表達調(diào)節(jié)的新的短RNA，但是它們的功能尚未得到證實。

本周出版的《自然—遺傳學》雜志刊載了這3個研究小組的成果。

（群芳 譯自www.science.com，4月22日）
附件:

根據(jù)一項新技術(shù)繪制的有關(guān)基因相互作用及其如何影響.  [發(fā)布時間:2009-04-23 11:24:13]

gaolao

比較抽象!
現(xiàn)在才知道自己知識不夠!