研究：全基因組從頭測(cè)序方法為豬遺傳育種提供了基礎(chǔ)

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　　日前，四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物遺傳育種研究所和重慶畜科院、北京諾和致源等單位的研究人員合作，通過(guò)全基因組從頭測(cè)序方法對(duì)豬基因組變異進(jìn)行了全面分析。

　　該研究從頭組裝了歐亞大陸9個(gè)代表性豬種(長(zhǎng)白豬、大白豬、漢普夏豬、皮特蘭豬、巴克夏豬、梅山豬、榮昌豬、民豬、八眉豬、金華豬)的基因組序列。通過(guò)與參考基因組進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)鑒定了大量新的SNP和結(jié)構(gòu)變異。為豬參考基因組補(bǔ)充了137Mb的序列，完整組裝出1737個(gè)參考基因組中缺失的蛋白編碼基因，其中74個(gè)參與肌肉生長(zhǎng)和脂肪沉積，76個(gè)參與免疫調(diào)控。

　　基于群體基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)，鑒定出α蛋白激酶3基因(ALPK3)兩個(gè)緊密連鎖的錯(cuò)義堿基突變(T-G和G-C)將導(dǎo)致蛋白相應(yīng)位置氨基酸(天冬酰胺—組氨酸，絲氨酸—半胱氨酸)的突變，或許與家豬具有較強(qiáng)的沉脂能力相關(guān);多囊腎1樣蛋白2基因(PKD1L2)的錯(cuò)義堿基突變(C-T)將導(dǎo)致蛋白相應(yīng)位置氨基酸(蘇氨酸—異亮氨酸)的突變，或許與家豬退化的運(yùn)動(dòng)能力和重要肉質(zhì)性狀(肌內(nèi)脂肪含量)相關(guān)。

　　這項(xiàng)研究展示了全基因組從頭測(cè)序策略在變異檢測(cè)應(yīng)用中的巨大優(yōu)勢(shì)，為個(gè)體基因組測(cè)序的變異檢測(cè)提供了新實(shí)例和新思路，同時(shí)也為豬遺傳育種研究提供了寶貴的基礎(chǔ)資源，有力推動(dòng)了豬在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和生物醫(yī)學(xué)研究中的進(jìn)一步應(yīng)用。